Biotopkartering är en standardiserad metod för kartering av fysiska förhållanden i och i anslutning till vattendrag. Metoden bedömer vattendragens hydro- och geomorfologi med tillhörande processer så som erosion och sedimentation. Även förekomsten av livsmiljöer, vandringshinder och fysisk påverkan undersöks. Resultaten kan sedan användas för diverse ändamål så som för åtgärdsplanering för natur- och fiskevård, naturvärdesbedömningar och påverkansanalys för fysiska ingrepp. Biotopkartering av vattendrag kan utföras året om under isfria förhållanden.
Jakobi har under 2019-2020 utfört biotopkartering av ett 40-tal vattendrag i Norrbottens län inför planering av ny 400 kV kraftledning. Slutkund Svenska Kraftnät.